Masjid ini mulai direncanakan dibangun pada tahun 1950-an.
Panitia Pembangunan Masjid Istiqlal mengadakan pertemuan dengan kepala negara, yaitu Presiden Soekarno pada tahun 1953.
Pada tanggal 7 Desember 1954, disahkan Yayasan Masjid Istiqlal dihadapan notaris Eliza Pondaag.
Pada tanggal 22 Februari 1955, Masjid Istiqlal mulai aktif dibangun.
Masjid Istiqlal dibangun di Lapangan Taman Medan Merdeka karena tempat tersebut dianggap sebagai alun-alun ibu kota Jakarta.
Masjid Istiqlal dibangun berdekatan atau berdapingan dengan Gereja Katedral sebagai bentuk persatuan dan toleransi beragama di Indonesia sesuai dengan ideologi Pancasila.
Sebelum dibangun, Presiden Soekarno melakukan sayembara untuk mencari desain masjid yang sesuai.
Baca Juga: 6 Agama yang Diakui Indonesia Beserta Tempat Ibadah dan Kitab Suci
Pada bulan Juli 1955, dewan juri akhirnya menetapkan Friedrich Silaban sebagai pemenang desain masjid untuk Masjid Istiqlal.
Pada tahun 1961, dilakukan pemancangan tiang pertama Masjid Istiqlal oleh Presiden Soekarno.
Masjid Istiqlal berlangsung cukup lama karena disebabkan adanya gejolak politik dan ekonomi di Indonesia.
Salah satu penyebabnya karena adanya krisis moneter yang dialami Indonesia pada tahu 1960-an.