15. Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP).
16. Badan Pengendalian Dampak Lingkungan (BAPEDAL), di bawah koordinasi Menteri Lingkungan Hidup.
17. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT), di bawah koordinasi Menteri Riset dan Teknologi.
18. Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS), di bawah koordinasi Menteri Koordinator Bidang Perekonomian.
19. Badan Pertanahan Nasional (BPN), di bawah koordinasi Menteri Dalam Negeri.
20. Badan Pusat Statistik (BPS), di bawah koordinasi Menteri Koordinator Bidang Perekonomian.
21. Badan SAR Nasional (BASARNAS).
22. Badan Standardisasi Nasional (BSN), di bawah koordinasi Menteri Riset dan Teknologi.
23. Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN), di bawah koordinasi Menteri Riset dan Teknologi.
24. Badan Urusan Logistik (BULOG), di bawah koordinasi Menteri Koordinator Bidang Perekonomian.
25. Lembaga Administrasi Negara (LAN), di bawah koordinasi Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi.
26. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), di bawah koordinasi Menteri Riset dan Teknologi.