Akan tetapi, agar menghindari konflik berkepanjangan, pada era konfrontasi 1962-1966 Malaysia tidak lagi menggugat status Luat Natuna.
Setelah itu, Indonesia kemudian membangun berbagai infrastruktur di Kepulauan Natuna yang luasnya 3.420 km2.
Kepulauan Natuna ini dihuni oleh etnis Melayu yang populasinya mencapai sekitar 85%.
Kemudian, di tahun 2009, Tiongkok secara nyata melanggar Sembilan Titik ditarik dari Pulau Spartly di tengah Laut Tiongkok Selatan.
Tiongkok mengklaim bahwa bahwa Laut Natuna merupakan bagian dari wilayah Zona Ekonomi Eksklusif negara Tiongkok.
Hal ini membuat presiden Indonesia memprotes langkah Tiongkok tersebut melalui Komisi Landas Kontinen PBB.
Indonesia menyatakan bahwa garis putus-putus yang diklaim Tiongkok sebagai pembaharuan peta 1947 memunculkan konflik.
Klaim Tiongkok tersebut juga membuat repot negara-ngera tetangga yang juga dipicu kebijakan pemerintahan Partai Koumintang.
Bahkan kebijakan tersebut membuat wilayah Tiongkok di Laut Tiongkok Selatan mencapai 90%.
Walaupun Tiongkok tidak pernah menyinggung soal isu Laut Natuna di PBB, tetapi sejak 1996 Indonesia telah memperkuat wilayah tersebut.
Sudah lebih dari 20.000 personil TNI menjaga wilayah Laut Natuna yang memang mempunyai cadangan gas terbesar di wilayah Asia.