Lokasi Museum Fatahillah terletak di Jalan Taman Fatahillah No. 1, Jakarta Barat.
Bangunan ini memiliki luas sekitar 1.300 meter persegi.
Pada zaman dahulu ketika Indonesia masih dijajah oleh bangsa Belanda, Museum Fatahillah adalah balai kota Batavia.
Bangunan tersebut didirikan pada tahun 1620.
Namun, bangunan itu hanya bertahan selama enam tahun saja.
Kemudian pada tahun 1627, bangunan balai kota Batavia dibangun kembali atas perintah Gubernur Jenderal Jan Pieterszoon Coen.
Akibat tidak keseimbangan tanah, bangunan tersebut menjadi memburuk dan perlahan-lahan turun dari permukaan tanah.
Baca Juga: 17 Lagu Daerah Asal DKI Jakarta, Salah Satunya Jali-Jali
Kemudian bangunan balai kota Batavia dibangun kembali untuk dijadikan balai kota lagi pada tahun 1707-1710 atas perintah Gubernur Jenderal Johan van Hoorn.
Kontruksi bangunan balai kota Batavia saat itu memiliki kemiripan dengan Istana Dam di Amsterdam.
Bagian ruang bawah balai kota Batavia pada zaman dahulu difungsikan sebagai penjara.
Pada tahun 1913, balai kota dipindahkan ke Tanah Abang dan dipindahkan kembali ke Koningsplein Zuid pada tahun 1919.