Pada 16 September 1945 Jakarta kembali diduduki oleh Netherlands Indies Civil Administration (NICA), Adjarian.
Tentara Sekutu berlabuh di Tanjung Priok Jakarta yang membuat keamanan Jakarta sangat kacau.
Oleh sebab itu, pemerintah Republik Indonesia melakukan pemindahan ibu kota secara diam-diam pada tengah malam dengan menggunakan kereta api.
Pada 4 Januari 1946 ibu kota pindah ke Yogyakarta atas saran Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Pakualam VII.
Sejak 4 Januari 1946 sampai 17 Agustus 1950, Yogyakarta resmi menjadi ibu kota Republik Indonesia.
2. Bukittinggi
Kota selanjutnya yang pernah menjadi ibu kota Indonesia terletak di Sumatra Barat.
Baca Juga: 10 Provinsi Paling Bahagia di Indonesia Menurut Badan Pusat Statistik
Tepatnya berada di kota Bukittinggi. Itu terjadi pada 19 Desember 1948.
Pada saat itu, Yogyakarta jatuh ke tangan Belanda yang disebabkan adanya agresi militer kedua.
Penyerangan dilakukan oleh pasukan militer Belanda dalam Agresi Militer Belanda II.
Akibatnya Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Mohammad Hatta ditangkap dan diasingkan di Pulau Bangka.