Situs Trinil awalnya ditemukan oleh Eugene Dubois yang merupakan ahli paleoantropologi dan geologi dari Belanda.
Saat itu, Eugene Dubois datang ke Indonesia untuk melakukan penelitian tentang manusia purba.
Pada tahun 1880-an, Dubois mencari lokasi yang memiliki potensi ditemukannya berbagai fosil purba, terutama di dekat gua dan sungai.
Ketika berada di Sumatra, Dubois menerima kiriman fosil tengkorak yang berasal dari Wajak, Tulung Agung, Jawa Timur.
Akhirnya ia melanjutkan penelitiannya ke beberapa lokasi di Jawa, salah satunya Trinil.
Dubois kemudian menemukan atap tengkorak dan tulang paha Homo erectus atau manusia Jawa di tahun 1891 yang kemudian membuat situs Trinil menjadi terkenal.
Pada situs tersebut jugalah Dubois menemukan fosil manusia purba Pithecanthropus erectus serta berbagai fosil tumbuhan dan hewan purba lainnya, Adjarian.
Inilah temuan yang kemudian disebut The Missing Link atau mata rantai yang hilang, sehingga membuat situs Trinil terkenal ke seluruh dunia.
Adapun ciri-ciri Pithecanthropus erectus yang ditemukan Dubois di Trinil, yaitu:
1. Berjalan tegak
2. Berbadan tegap