2. Flagea
Sel prokariotik: Memiliki kandungan dua protein penyusun.
Sel eukariotik: Disusun atas banyaknya mikrotubula.
3. Inti Sel
Sel prokariotik: Tidak memiliki membran inti atau nucleus tidak nyata yang tersebar pada sitoplasma.
Sel eukariotik: Memiliki inti sel nyata karena memiliki membran inti.
4. Ukuran Sel
Sel prokariotik: Memiliki diameter 0,2-2.0µm.
Sel eukariotik: Memiliki diameter 10-100µm.
Disimpulkan bahwa sel eukariotik memiliki ukuran lebih besar dibandingkan sel prokariotik.
5. Kloroplas